Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long được thành lập trên cơ sở sát nhập bộ môn côn trùng, bệnh cây, sinh thài côn trùng và phòng trừ sinh học theo quyết đinh số 149/QĐ-QL-TCCB của Viện trưởng Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long.

Bộ môn Di truyền và Chọn giống, là đơn vị chuyên môn trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu về lĩnh vực di truyền và chọn tạo giống lúa và giống cây trồng khác.

Văn phòng Viện, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về tổ chức cán bộ, hành chính quản trị, xây dựng cơ bản và tài chính-kế toán.

Bộ môn Cơ điện nông nghiệp và Công nghệ sau thu hoạch là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác và tư vấn về lĩnh vực Cơ điện nông nghiệp, công nghệ sau thu hoạch và chế biến nông sản thực phẩm.

Bộ môn Nông học, là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác, và tư vấn về lĩnh vực Kỹ Thuật canh tác, sinh lý sinh hóa, hệ thống canh tác, dinh dưỡng cây trồng và sản xuất phân bón lá, bón gốc, khoa học đất và vi sinh vật đất-môi trường phục vụ cho cây lúa và cây trồng khác.

Trung tâm CGTBKT vào SXNN là đơn vị trực thuộc Viện lúa Đồng bằng sông Cửu Long có chức năng: Nghiên cứu; Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, đào tạo, hợp tác, tư vấn; Sản xuất và tiêu thụ sản phẩm giống cây trồng. Từ năm 2020, Trung tâm được Viện lúa ĐBSCL giao quản lý toàn bộ lĩnh vực sản xuất kinh doanh và tiến hành hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm 100% về tài chính và hàng năm đóng góp kinh phí về cho Viện.

Trung tâm dịch vụ phân tích môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham gia nghiên cứu và cung cấp các dịch vụ liên quan đến việc phân tích các chỉ tiêu về đất, nước, khí thải, môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng và kiểm nghiệm/ kiểm định giống cây trồng.

 Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Sinh học và Nông nghiệp Công nghệ cao, là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu phát triển và cung cấp dịch vụ về ứng dụng công nghệ sinh học và nông nghiệp công nghệ cao (cây con, chế phẩm vi sinh vật, các giá thể, quy trình kỹ thuật, trang thiết bị.…) trong sản xuất nông nghiệp.

Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về công tác nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, thông tin, đào tạo chuyên môn và hợp tác trong và ngoài nước.

Hướng tới chào mừng đại hội Đảng bộ Viện lúa ĐBCSL sắp tới, từ ngày 19 đến ngày 20 tháng 12 năm 2024, Các Chi bộ trực thuộc Đảng ủy Viện Lúa đã tổ chức đại hội để bầu Chi ủy mới, đánh dấu một bước ngoặt quan trọng trong công tác xây dựng Đảng và nâng cao chất lượng hoạt động của Viện. Theo kế hoạch số 159-KH-HU ngày 12/9/2024 của Huyện Ủy Thới Lai và kế hoạch số 01/10/2024 của Đảng Ủy Viện, Đại hội các chi bộ đã diễn ra nghiêm túc, dân chủ, đảm bảo đúng quy định của Đảng.