Bộ môn Nông học, là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác, và tư vấn về lĩnh vực Kỹ Thuật canh tác, sinh lý sinh hóa, hệ thống canh tác, dinh dưỡng cây trồng và sản xuất phân bón lá, bón gốc, khoa học đất và vi sinh vật đất-môi trường phục vụ cho cây lúa và cây trồng khác.

Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long được thành lập trên cơ sở sát nhập bộ môn côn trùng, bệnh cây, sinh thài côn trùng và phòng trừ sinh học theo quyết đinh số 149/QĐ-QL-TCCB của Viện trưởng Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long.

Bộ môn Di truyền và Chọn giống, là đơn vị chuyên môn trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu về lĩnh vực di truyền và chọn tạo giống lúa và giống cây trồng khác.

Trung tâm dịch vụ phân tích môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham gia nghiên cứu và cung cấp các dịch vụ liên quan đến việc phân tích các chỉ tiêu về đất, nước, khí thải, môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng và kiểm nghiệm/ kiểm định giống cây trồng.

Trung tâm CGTBKT vào SXNN là đơn vị trực thuộc Viện lúa Đồng bằng sông Cửu Long có chức năng: Nghiên cứu; Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, đào tạo, hợp tác, tư vấn; Sản xuất và tiêu thụ sản phẩm giống cây trồng. Từ năm 2020, Trung tâm được Viện lúa ĐBSCL giao quản lý toàn bộ lĩnh vực sản xuất kinh doanh và tiến hành hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm 100% về tài chính và hàng năm đóng góp kinh phí về cho Viện.

Văn phòng Viện, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về tổ chức cán bộ, hành chính quản trị, xây dựng cơ bản và tài chính-kế toán.

Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về công tác nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, thông tin, đào tạo chuyên môn và hợp tác trong và ngoài nước.

Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long là một đơn vị nghiên cứu khoa học công lập thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có trụ sở chính tại Xã Tân Thạnh, huyện Thới Lai, TP. Cần Thơ.

Đảng bộ Viện Lúa đồng bằng sông Cửu Long trực thuộc Huyện ủy Thới Lai, Thành ủy TP. Cần Thơ. Hiện nay Đảng bộ có 93 đảng viên sinh hoạt trong 10 chi bộ trực thuộc, trong đó có 07 đảng viên dự bị và số đảng viên nữ  là 44 người.

Ban chấp hành Đảng bộ Viện nhiệm kỳ X (2011-2015) bao gồm 11 đồng chí do đ/c Lê Văn Bảnh làm Bí thư.