Bộ môn Di truyền và Chọn giống, là đơn vị chuyên môn trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu về lĩnh vực di truyền và chọn tạo giống lúa và giống cây trồng khác.

Bộ môn Cơ điện nông nghiệp là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ về lĩnh vực Cơ điện nông nghiệp, thủy sản và chế biến nông lâm thủy sản.

Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long là một đơn vị nghiên cứu khoa học công lập thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có trụ sở chính tại Xã Tân Thạnh, huyện Thới Lai, TP. Cần Thơ.

Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Sinh học và Nông nghiệp Công nghệ cao, là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu phát triển và cung cấp dịch vụ về ứng dụng công nghệ sinh học và nông nghiệp công nghệ cao (cây con, chế phẩm vi sinh vật, các giá thể, quy trình kỹ thuật, trang thiết bị.…) trong sản xuất nông nghiệp.

Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long được thành lập trên cơ sở sát nhập bộ môn côn trùng, bệnh cây, sinh thài côn trùng và phòng trừ sinh học theo quyết đinh số 149/QĐ-QL-TCCB của Viện trưởng Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long.

Trung tâm dịch vụ phân tích môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng, là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham gia nghiên cứu và cung cấp các dịch vụ liên quan đến việc phân tích các chỉ tiêu về đất, nước, khí thải, môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng và kiểm nghiệm/ kiểm định giống cây trồng.

Trung tâm Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật là tổ chức sự nghiệp khoa học công lập trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng thực nghiệm khoa học kỹ thuật và đưa tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, nghiên cứu tác động của chính sách và tiến bộ kỹ thuật đến tiềm năng phát triển nông thôn ở ĐBSCL theo xu hướng sản xuất nông nghiệp bền vững dưới điều kiện biến đổi khí hậu, tham gia xây dựng mô hình nông thôn mới, hợp tác nghiên cứu trong và ngoài nước..

Bộ môn Nông học, là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác, và tư vấn về lĩnh vực Kỹ Thuật canh tác, sinh lý sinh hóa, hệ thống canh tác, dinh dưỡng cây trồng và sản xuất phân bón lá, bón gốc, khoa học đất và vi sinh vật đất-môi trường phục vụ cho cây lúa và cây trồng khác.

Văn phòng Viện, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về tổ chức cán bộ, hành chính quản trị, xây dựng cơ bản và tài chính-kế toán.